Если Вы используете его в
Кубэйсе как ВСТ, то на верхней панели синта есть опция для сохранения настроек пресета (ромбик справа), которые можно записать в список пользовательских пресетов в конце работы с ним. Когда Вы вновь загружаете свой проект для работы, то при потере настроек можно загрузить их с помощью соседней опции из того же списка.
Несколько неудобно, но проблему можно так снимать.